Le département GEP, intervient dans 4 écoles doctorales de l'université de Lyon.
Ecole Doctorale EEA : L'Ecole Doctorale EEA regroupe l'ensemble des laboratoires et des chercheurs dans le domaine de l'Electronique, l'Electrotechnique, l'Automatique et le traitement du signal de la place de Lyon. 3 spécialités constituent le volet scientifique de cette ED : Energie et Systèmes, STIC Santé et Micro et nano technologies.
Ecole Doctorale de Chimie : L'école doctorale de chimie de Lyon a 3 spécialités générales : la chimie, les procédés et l'environnement.
Ecole Doctorale Interdisciplinaire Sciences-Santé : Les filières doctorales composant l'EDISS lui donnent un caractère volontairement interdisciplinaire, à l'interface des domaines de Sciences et de Santé.